Appels viel op kerkelijk vlak aanvankelijk onder het bisdom Kamerijk, sedert 1559 onder het aartsbisdom Mechelen en vanaf 1801 onder het bisdom Gent. De parochiekerk stond oorspronkelijk aan de oevers van de Schelde, niet ver van het Veer waar ook de oudste dorpskern gelegen was. Ze werd op het einde van de 15e eeuw door brand zwaar gehavend en, volgens een aantekening van pastoor De Maeyere, die hier van 1685 tot 1730 het herdersambt bekleedde, onderging ze in 1533 opnieuw hetzelfde lot. Er werd toen besloten de kerk verderop richting Dendermonde herop te bouwen. Een zandstenen jaarsteen in de noorde-lijke koormuur geeft aan dat men nog datzelfde jaar aan de werken begon.
Halfweg de 18e eeuw werd besloten de kerk te "vermeerderen en restaureren" aangezien ze inmiddels veel te klein geworden was om de toegenomen bevolking te bedienen. Er werden besprekingen aangevat met de belangrijkste tiendheffer, de abdij van Zwijveke, die niet stond te springen om haar deel van de kosten te betalen. Het duurde daarom tot 1783-1784 eer de Dendermondse ingenieur Judocus Sibens de opdracht kreeg de noodzakelijke plannen en modellen uit te werken voor een nieuw kerkgebouw. De oude kerk werd in 1785 gesloopt, enkel het oude koor bleef behouden. Begin 1786 was de ruwbouw van de benedenkerk en de toren klaar. Op 25 augustus 1788 werd de nieuwe kerk ingewijd door kardinaal de Franckenberg. In 1809 werd torenspits door een brand vernield. In 1902 werden alle glasramen vernieuwd. In 1918 deed de kerk dienst als krijgsgevangenis. In de jaren 1970 werd een restauratiecampagne gestart die begin 1993 met de vernieuwing van het schilderwerk werd afgesloten.